2001–2013
2001. gadā, atsaucoties uz iepriekšējo trīs desmitgažu krājuma papildināšanas rezultātiem un mūzikas vēstures kolekciju apjomu, muzeja nosaukums tiek mainīts uz Rakstniecības, teātra un mūzikas muzejs, izvirzot arī mērķi no tobrīd nodaļu statusā esošajām Rakstniecības un Mūzikas struktūrvienībām veidot atsevišķus muzejus-filiāles. 2009. gadā notikušās reorganizācijas rezultātā izveidojas vairākas atsevišķas struktūras: RMM, kas saglabā pārvaldību pār centralizēto rakstniecības, teātra un mūzikas krājumu; Memoriālo muzeju apvienība, kurā ietilpst iepriekšējā muzeja filiāles, izņemot E. Smiļģa Teātra muzeju, kas nonāk Latvijas Kultūras akadēmijas pārziņā, un E. Dārziņa un J. Sudrabkalna muzeju “Jāņaskola”, kas pāriet Piebalgas muzeju apvienības “Orisāre” sastāvā. No 2013. janvāra muzejs no valsts aģentūras pārtop par LR Kultūras ministrijas tiešās pakļautības iestādi Rakstniecības un mūzikas muzejs.